How can I add elevation on arc without changing its structure?

If you need to convert an "Arc By Center Point" to an "Arc By Center Point With Ends", you can re-create required arc based on properties of the original arc using a constructor of fmboejcts.FMEArc with this signature. See the API documentation.

init(centerPoint, rotation, primaryRadius, secondaryRadius, startAngle, sweepAngle, startPoint, endPoint)

Creates an arc using the center point supplied, along with the supplied radii, angles, and points. All angles are CCW up from the horizontal, and are measured in degrees.

Parameters:    
centerPoint (FMEPoint) – The centerPoint of the arc.
rotation (float) – The rotation of the arc.
primaryRadius (float) – The primary radius of the arc.
secondaryRadius (float) – The secondary radius of the arc.
startAngle (float) – The start angle of the arc.
sweepAngle (float) – The sweep angle of the arc.
startPoint (FMEPoint) – (Optional) The start point of the arc.
endPoint (FMEPoint) – (Optional) The end point of the arc.
Return type:    
FMEArc

Returns:    
An instance of an Arc Geometry object.

e.g.

import fmeobjects
def processFeature(feature):
    arc = feature.getGeometry()
    newArc = fmeobjects.FMEArc(
        arc.getCenterPoint(),
        arc.getRotation(),
        arc.getPrimaryRadius(),
        arc.getSecondaryRadius(),
        arc.getStartAngle(),
        arc.getSweepAngle(),
        arc.getStartPoint(),
        arc.getEndPoint()
    )
    feature.setGeometry(newArc)

init(centerPoint, rotation, primaryRadius, secondaryRadius, startAngle, sweepAngle, startPoint, endPoint)

Creates an arc using the center point supplied, along with the supplied radii, angles, and points. All angles are CCW up from the horizontal, and are measured in degrees.

Parameters:    
centerPoint (FMEPoint) – The centerPoint of the arc.
rotation (float) – The rotation of the arc.
primaryRadius (float) – The primary radius of the arc.
secondaryRadius (float) – The secondary radius of the arc.
startAngle (float) – The start angle of the arc.
sweepAngle (float) – The sweep angle of the arc.
startPoint (FMEPoint) – (Optional) The start point of the arc.
endPoint (FMEPoint) – (Optional) The end point of the arc.
Return type:    
FMEArc

Returns:    
An instance of an Arc Geometry object.

import fmeobjects
def processFeature(feature):
    arc = feature.getGeometry()
    newArc = fmeobjects.FMEArc(
        arc.getCenterPoint(),
        arc.getRotation(),
        arc.getPrimaryRadius(),
        arc.getSecondaryRadius(),
        arc.getStartAngle(),
        arc.getSweepAngle(),
        arc.getStartPoint(),
        arc.getEndPoint()
    )
    feature.setGeometry(newArc)

This script is also possible, if you just need to set z-coordinate to start and end points.

def processFeature(feature):
    elevation_start = 100
    elevation_end = 200
    arc = feature.getGeometry()
    p0 = arc.getStartPoint()
    p1 = arc.getEndPoint()
    p0.setZ(elevation_start)
    p1.setZ(elevation_end)
    arc.setStartPoint(p0)
    arc.setEndPoint(p1)
    feature.setGeometry(arc)

def processFeature(feature):
    elevation_start = 100
    elevation_end = 200
    arc = feature.getGeometry()
    p0 = arc.getStartPoint()
    p1 = arc.getEndPoint()
    p0.setZ(elevation_start)
    p1.setZ(elevation_end)
    arc.setStartPoint(p0)
    arc.setEndPoint(p1)
    feature.setGeometry(arc)

Thanks @takashi