From the log:

Encountered a wkb_polygon with zero rings.

Hard to say without data, but I think it found a geometry defined as a polygon without a closed polyline.

A GeoPackage is essentially a sqlite db, so to debug this you can try to read it using FME as sqlite, or use another tool to read sqlite and see what is in the geometry column and go from there.

For reading GeoPackage (and SQLite) files, I'm a big fan of DBBrowser.