RCaller timeout error

I'm using an RCaller within a workbench that's processing some reasonably large datasets. The R script I'm using works fine in R itself, and the workbench runs perfectly with a smaller test dataset. 

However with a full-size dataset I get the following error, approximately 30 seconds after the last feature enters the RCaller and the rscript.exe processes begin:

RCaller(InlineQueryFactory): InlineQueryFactory encountered an error when starting R interpreter. Message was: Process operation timed out

Running with the same size dataset in RGui or RStudio, the processing I'm doing takes approximately 10 minutes. However the processing is by group and so I use the ddply package in parallel mode to split the processing across 10 cores, making the process take approximately 1 minute.

I've transferred this over to the RCaller in FME, and it starts the 10 processes, but still times out after about 30 seconds. 

How can I use the RCaller to do work that takes more than 30 seconds to produce an output? Is there any way of spitting out "something" so that FME knows it's running ok and should wait?